Shinichi est devenu plus fort et continue, aidé par Miggy, la parasite ayant pris le contrôle de sa main droite, sa traque sans relâche des parasites pour les exterminer et protéger les humains. Tamiya Ryoko le fait suivre par Kuramori, un journaliste freelance, pour observer son évolution, elle-même développant de plus en plus d’humanisme au fur et à mesure qu’elle élève son bébé Cependant la frange dure des parasites, incarnée par le maire Hirakawa et par Goto, s’inquiète des actes de Shinichi et remet en cause la façon de faire de Tamiya.

Depuis des milliers d’années, l’Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu’à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d’étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d’où elles viennent, mais ce qui semble certain, c’est qu’elles sont là pour débarrasser le monde de l’espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d’attachement particulier.

Madison est une adolescente orpheline. Depuis la mort de son père elle est envoyée dans plusieurs internats. Un jour sa belle-mère, Patricia, ressurgit dans sa vie et lui propose de l'enmener en vacances sur l'île de Santa Isabel. Mais Patricia a d'autre projets en tête. Avec l'aide de Blake et Taylor, ses acolytes, elle prévoit d'assassiner Madison pour toucher son héritage. Madison doit lutter pour rester en vie...