Dans les années 50, une jeune étudiante, fan de James Dean, a un grave accident avec son petit-ami sur la route les conduisant au bal de fin d'année. Elle meurt et se retrouve 30 ans plus tard au purgatoire, car elle n'a pas terminé sa tâche sur terre...

Phyl et Ralph sont les enfants maintenant adultes de M. et Mme Thomas. Phyl est amoureux d'un homme marié et Ralph souhaite poursuivre une carrière d'artiste. Leurs parents ne sont pas satisfaits des choix non conventionnels des deux enfants dans la vie, mais Phyl et Ralph sont déterminés à les poursuivre malgré tout.

Juan Sayago revient dans son village après 18 années passées en prison, après avoir été accusé d’avoir tué Raul Trueba, un vendeur de chevaux. Juan veut reprendre une vie tranquille mais il sait que Julian et Pedro, les fils de Raul, ont juré de venger leur père. Il va revoir Mariana, une veuve dont il a été le fiancé. Tout le monde conseille à Juan de quitter la ville. Mariana et Juan renouent des liens mais Mariana ne veut pas quitter la ville avec lui. Il est provoqué en duel par Julian, dans le désert où a été tué Trueba. Juan reprend les armes, quitte Mariana et se tient prêt à se défendre. Pedro le cadet sera amené à l’abattre dans le dos de plusieurs coups de feu avec l’arme de son frère.

Au large des côtes égyptiennes, un mégalodon réapparait du fond des mers. Pour contrer cette nouvelle menace, le gouvernement américain a mis au point un projet top-secret : la création d’un requin mécanique gigantesque doté des mêmes caractéristiques que le mégalodon. Un couple de scientifiques va devoir piloter ce sous-marin ultra sophistiqué pour faire face à ce terrible adversaire. Mais la bataille est loin d’être gagnée…

Ce film adapte les derniers chapitres du manga de Minazuki Suu. Et par conséquent, il saute un certain nombre de chapitres de la série. Tomoki continue de vivre sa vie comme si de rien n'était avec à ses côtés Nymph, Ikaros et Astraea. Mais un jour, il apprend la vérité sur ce que signifie son rêve et ses implications. Il doit alors retourner sur ce "Nouveaux Monde", et combattre pour protéger tout ce qu'il a de précieux. Car ce n'est plus seulement lui qui est pris dans toute cette histoire mais le monde entier tel qu'il est...